Od roku 2003 pierwszy trębacz - solista w Teatrze Wielkim - Operze Narodowej, a od 2012 roku wykładowca na Uniwersytecie Muzycznym im. F. Chopina w Warszawie.
Edukację muzyczną rozpoczęła od gry na fortepianie w Państwowej Szkole Muzycznej I i II st. w Radomiu. W wieku 11 lat zaczęła pobierać lekcje trąbki u swojego ojca Zdzisława Włodarskiego i pod jego kierunkiem zajęła II miejsce na Ogólnopolskim Konkursie Młodego Muzyka w Szczecinku.
W 1994 roku została laureatką Ogólnopolskiego Konkursu Instrumentów Dętych Blaszanych w Częstochowie, a w 1996 roku zajęła III miejsce na I Ogólnopolskim Festiwalu Trębaczy w Kaliszu. W tym samym roku wystąpiła jako solistka ze szkolną orkiestrą w Filharmonii Narodowej. Ukończyła studia na Akademii Muzycznej im. F. Chopina w Warszawie u Krzysztofa Bednarczyka i kontynuowała naukę w Stanach Zjednoczonych na Roosevelt University u Channinga Philbricka oraz na University of Illinois u Ronalda Romma i Michaela Ewalda. Pobierała również lekcje u Ardasha Marderosiana, Arnolda Jacobsa i Vincenta Cichowicza.
W 2002 roku wygrała konkurs uniwersytecki, w którym nagrodą był występ solowy z orkiestrą. Małgorzata Dzikowska współpracowała lub nadal współpracuje z wieloma polskimi orkiestrami, m.in. z Filharmonią Narodową, Polską Orkiestrą Radiową, Concerto Avenna i Sinfonia Varsovia.
Równolegle zajmuje się kameralistyką: była członkiem zespołu Warsaw Brass, Chamber Brass oraz Warsaw Brass Quintet, a obecnie gra w zespole Brasset.
Od kilkunastu lat należy do stowarzyszenie International Women's Brass Conference.
Działalność pedagogiczną Małgorzata Dzikowska rozpoczęła w trakcie studiów. Pracuje w Zespole Szkół Muzycznych im. O. Kolberga w Radomiu prowadziła również kursy podczas Janowieckich Interpretacji Muzycznych.
Prywatnie jest mamą Ewy i Pawła.